下記コマンドが効果的です。
sudo cp -a [コピー元] [コピー先]
このコマンドだと、sudoでの実行ですが所有権が維持されたままコピーできます。
cpのaオプションはhelpによると再帰的に属性を保持してコピーする処理を意味します。
cp --help
-a, --archive -dR --preserve=all と同様
-d --no-dereference --preserve=links と同様
--preserve[=ATTR_LIST] 指定された属性を保持する
-R, -r, --recursive 再帰的にディレクトリをコピーする
sudoとrオプションでは全てのディレクトリとファイルの所有権がsudoになってしまい困り、ローカルユーザーとしてのコピーでは読み込み権限が無いものはコピーでずに困りますが、sudoとaオプションならその両方を解決できました。
参考
I want to copy a directory from one place to another via the command line

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